седативное, бодрящее для ЦНС, антистрессовое, антидепресивное, улучшает внутримозговой кровоток, активизирует умственную деятельность; антисептическое, бактерицидное, противовирусное, противогрибковое; антиаллергическое, антиоксидантное, антисклеротическое, радиопротекторное; спазмолитическое, противовоспалительное; мягкое гипотензивное, антиаритмическое, кардиотоническое; противокашлевое; стимулирует регенерацию тканей, противоязвенное, кровоостанавливающее; нормализует пищеварение, стимулирует выработку ферментов, снижает повышенную кислотность, устраняет явления дисбактериоза, мягкое желчегонное, слабительное; нормализует работу эндокринных желез, объем и регулярность менструаций, активизирует функцию половых желез у мужчин и женщин, сильный эротический и сексуальный стимулятор; ускоряет регенерацию кожи, нормализует секреторною функцию сальных желез, повышает эластичность и упругость кожи, препятствует образованию и способствует разглаживанию морщин и рассасыванию рубцов, устраняет гиперчувствительность, сосудистый рисунок, отечность кожи, темные круги под глазами и припухлость век, восстанавливает контуры лица.

высокая антивирусная, антибактериальная и антигрибковая активность масла позволяют применять его при широком спектре инфекционных заболеваний. 
В медицине многих стран мира эфирное масло чайного дерева применяется при лечении инфекций дыхательных и мочевыводящих путей, пищеварительного тракта и кожи, диабетической гангрены, педикулеза, укусов насекомых, а также в стоматологической и гинекологической практике. 
Холодные и горячие ингаляции дают хорошие результаты при острых респираторных заболеваниях и приносят облегчение при гриппе.
Показаниями к применению масла чайного дерева являются грипп, простуда, кашель, бронхиты, пневмония, катары, туберкулёз, тонзиллит, ларингит, синусит, стоматит, гингивит, отит, кровоточивость десен, неприятный запах изо рта при пародонтозе и у заядлых курильщиков, цистит, уретрит, кольпит, вагинит, кандидомикозы, бели, зуд в генитальной и анальной области, колит, гастрит, геморрой, варикозное расширение вен, артриты, растяжения мышц и связок, укусы насекомых, нервное напряжение, беспокойство, истерические реакции, стрессы, гангрена, герпес, опоясывающий и стригущий лишай, раны, язвы, порезы, ссадины, ушибы, ожоги (в частности, солнечные), угревая сыпь, гнойничковые воспаления, нарывы, фурункулы, карбункулы, бородавки, импетиго, педикулез, дерматомикозы, эпидермофитии стоп, псориаз, экзема, укусы насекомых, зуд, перхоть, выпадение волос, ежедневный уход за жирной и нечистой кожей.

Для горячих ингаляций: 2 капли масла вносят в ингалятор, длительность процедуры 5-10 минут. При отсутствии ингалятора в кастрюлю с горячей водой добавить 2 капли масла чайного дерева, накрыть голову полотенцем и глубоко вдыхать с закрытыми глазами в течение 5-10 минут. Паровая ингаляция может быть использована и как паровая ванна для лица для расширения пор и очистки кожи от угрей, прыщей и комедонов.
Для холодных ингаляций: 2-7 капель эфирного масла на кусочек ткани или носовой платок и вдыхать в течение дня. 
В аромалампу: 2-5 капель эфирного масла на 15 м2.
В аромамедальоны: 1-2 капли. 
Ванночки для ног: 7-10 капель эмульгированного масла развести в 500 мл горячей воды. 
Для обогащения кремов и тоников: 2-3 капли масла на 10 мл основы.
Для обогащения шампуня: 30 капель эфирного масла на 200 мл шампуня. При педикулезе этим шампунем моют голову 2-3 раза в неделю. 
Для промывания ран: 10 капель масла чайного дерева добавить в 1/3 стакана воды. 
Для полоскания: 3 - 5 капель эфирного масла на 1 стакан теплой воды, хорошо перемешать. Полоскать горло и рот при воспалении горла и десен, изъязвлениях на слизистой рта, неприятном запахе изо рта.
Раствор спиртовой для растирания суставов: 50 капель эфирного масла растворяют в 10 мл 96%-го этилового спирта. 
Раствор для втирания в кожу головы: 30 капель эфирного масла растворяют в 50 мл 96% этилового спирта и добавляют 50 мл дистиллированной воды. Раствор втирают в волосистую часть головы перед сном.
Прямое нанесение на кожу чистого масла чайного дерева: использовать масло непосредственно из флакона, нанося легкими поколачивающими движениями кончиков пальцев или ватного шарика.
Применяется для лечения грибковых поражений кожи, бородавок, порезов, ожогов, простого герпеса.